Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Quảng Trị thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các Khu công nghiệp, Khu kinh tế, Khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Quảng Trị; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Quảng Trị thực hiện một số nhiệm vụ và quyền hạn chủ yếu sau:
- Xây dựng quy hoạch tổng thể, quy hoạch chi tiết phát triển;
- Xây dựng Danh mục dự án đầu tư và kế hoạch đầu tư xây dựng cơ bản hàng năm;
- Cấp, điều chỉnh và thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư, Giấy phép thành lập Văn phòng đại diện, Chi nhánh của thương nhân và doanh nghiệp du lịch nước ngoài, Chứng chỉ xuất xứ hàng hoá và các chứng chỉ khác;
- Giao hoặc cho các nhà đầu tư thuê đất, mặt nước;
- Xây dựng các khung giá, mức phí và lệ phí;
- Đầu mối giải quyết các vấn đề phát sinh trong quá trình hình thành, triển khai và thực hiện các dự án đầu tư, kinh doanh và hoạt động của doanh nghiệp;
- Chủ trì, phối hợp với chính quyền địa phương và các cơ quan có liên quan trong việc bảo đảm mọi hoạt động trong khu vực;
- Thực hiện nhiệm vụ quản lý, sử dụng các nguồn đầu tư trên địa bàn và quản lý các dự án xây dựng bằng nguồn vốn từ ngân sách Nhà nước.
Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh Quảng Trị thực hiện thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa, tại chỗ.